La expansión portuguesa hacia el río Uruguay

La expulsión de los jesuitas en 1768 produjo una pronta decadencia de los pueblos que antes habían sido ricos y productivos. En treinta años la población había disminuido hacia la mitad en relación al momento de la salida forzada de los padres de la Compañía. Y también el territorio que había conformado la Provincia Jesuítica del Paraguay se desmembró pasando a depender de diferentes estados. En 1801 el Imperio portugués se apoderó de las Misiones Orientales, es decir aquellos siete pueblos que estaban en la margen oriental del río Uruguay, quedando este curso fluvial como límite internacional entre Argentina y Brasil a partir de ese momento.

La conquista de las Misiones Orientales fue obra de un grupo de aventureros, antiguos desertores del Regimiento de Dragones, con sede en Porto Alegre, que, aprovechando una amnistía decretada, se dispusieron a trabajar para la Corona como punta de lanza de la expansión portuguesa hacia el Uruguay. Tenían la promesa de ser poseedores de buena parte de las tierras conseguidas para el Imperio. 
La empresa fue dirigida por José Borges do Canto, gran conocedor de los Siete Pueblos por sus varias correrías realizadas previamente. Fue acompañado por otro aventurero, Manuel dos Santos Pedroso, baqueano amigo de varios caciques guaraníes de las misiones que inclusive hablaba su idioma. Lideraron éstos un grupo de 40 combatientes a los que se adhirieron 300 guaraníes escapados de los pueblos, descontentos con las autoridades impuestas. El 8 de agosto de 1801 sitiaron San Miguel y en unos pocos días conquistaron el resto del territorio, casi sin oposición de los mandos militares de los pueblos misioneros. Aparentemente la conquista fue precedida de entendimientos con los caciques de los poblados, muy venidos a menos en el nuevo orden establecido en las Misiones por las autoridades virreinales. En San Borja, por ejemplo, fueron los mismos caciques quienes aprisionaron a los administradores españoles, antes de la llegada de los conquistadores al pueblo.

Esta conquista fue legalizada en 1802 con la firma del Tratado de Badajoz. El Imperio portugués creó el distrito de Misiones, que pasó a formar parte de la Capitanía de São Pedro Sur, con sede en Río Grande. Con esta iniciativa, Brasil extendió sus fronteras hasta el Uruguay y por el sur hasta el Ibicuy, frontera con la Banda Oriental (Uruguay). En 1808, para consolidar la ocupación, nació la Comandancia de Misiones, cuyo primer titular fue el teniente coronel Tomás da Costa Correia e Silva. Un año después se iniciaría la larga y controvertida administración del mariscal Francisco das Chagas Santos, el futuro verdugo de Andrés Guacurarí.
El estado de los pueblos al momento de la conquista portuguesa era caótico. Las labores comunitarias estaban abandonadas hacía ya mucho tiempo, los indios entregados a sí mismos caían en el relajamiento y los vicios. Las deserciones eran permanentes. 
Ante esa situación, los primeros delegados distritales autorizaron las vaquerías en las fronteras aún no demarcadas. En una de estas incursiones, a orillas del Arapey, en la Banda Oriental, fue aprehendido y muerto Borges do Canto.
Estas razzias posibilitaron, por otra parte la incursión luso-brasileña en las fronteras aún no demarcadas. La Corona portuguesa, alentaba el poblamiento de esta región concediendo tierras y promesas de amparo y protección.
Apenas conquistados los pueblos guaraní-misioneros, la Capitanía de Río Grande comenzó a otorgar tierras con el fin de afianzar la ocupación. Por ello, los primeros beneficiados con extensos y fértiles campos fueron José Borges do Canto, y quienes lo acompañaron en la conquista de 1801.

Este proceso de ocupación suroccidental de Río Grande fue la etapa final del proyecto poblacional del Imperio portugués en sus confines meridionales. La estrategia se había iniciado en 1737 con la fundación de Río Grande y Laguna o Porto dos Casais (Porto Alegre). Un puñado de familias, ligadas al Regimiento de Dragones se distribuían las principales propiedades en la frontera con la Banda Oriental. En la segunda mitad del siglo XVIII se ocuparon las cuchillas divisorias de aguas (Cochilha Grande) y la Depresión Central, hasta el río Jacuhy, de acuerdo a lo resuelto en el tratado de San Ildefonso. La conquista de Misiones permitió completar el poblamiento hacia el oeste y, desde allí los frentes pobladores continuaron hacia el sur, hasta las márgenes del Quareim.
Consolidaba así Portugal las fronteras actuales del Brasil, ante la inacción de las autoridades rioplatenses más preocupadas por los problemas derivados de la revolución de Mayo que por el avance portugués.

Los nuevos dueños de las tierras en el sur brasileño con el tiempo se constituyeron en los grandes señores de las regiones fronterizas. En el primer cuarto del siglo XIX, cuando recién empiezan a formarse los núcleos urbanos sobre el Uruguay, la estancia era una especie de “célula social” de la región. Los grandes propietarios se convirtieron en verdaderos señores feudales, en cuyo derredor giraban hombres, producción y la pequeña economía.