Uno de los problemas  principales que debieron afrontar los jesuitas al reunir a los guaraníes en grandes asentamientos, fue asegurar la regularidad de su alimentación. Para ello no bastaban las antiguas prácticas de los indios, basadas en la caza, la recolección, la pesca y los cultivos temporarios, aplicables a pequeñas aldeas, espaciadas entre sí. La concentración de centenares de familias y millares de habitantes en pueblos requería contar con otras formas de aprovisionamiento, que cubrieran las necesidades diarias de la alimentación y se desarrollaran en forma organizada.

La agricultura retomó los cultivos nativos, como el maíz, los porotos, zapallos y mandiocas con nuevas técnicas de labranza. Los cultivos fueron distribuidos en lotes pequeños, para la subsistencia familiar y en campos comunes para el pueblo en general. A los primeros se los denominó “abambaé” y a los segundos, “tupambaé”. En estos últimos, la gente del pueblo atendía por turnos y según sus edades, las distintas etapas del cultivo, desde la siembra hasta la cosecha. En ellos se cultivaban además de algunos cereales y hortalizas, principalmente el algodón y la caña de azúcar y más tarde montes de frutales y de yerba mate, plantados cerca de los pueblos.

Así por ejemplo, en San Carlos, el “tupambaé” o también “chacarería del pueblo”, contaba con dos cañaverales grandes, tres trigales, un cebadal, dos arrozales, 12.000 plantas de algodón cultivadas en seis lugares diferentes y cuatro yerbales chicos, con casi 14.000 plantas.

Una de las innovaciones más importantes de los jesuitas fue la introducción de la ganadería en las Misiones. Animales como los caballos, vacunos, ovejas y cabras y asimismo las mulas, eran desconocidos para los guaraníes, que rápidamente se adaptaron a ellos para diferentes usos. El aprovisionamiento del ganadodependía, en los inicios de la labor evangelizadora, de las vaquerías en tierras correntinas. Ello trajo enojosos conflictos de jurisdicción entre los vecinos de Corrientes y los guaraníes de Misiones. Así, en 1706 se fijó el río Miriñay como frontera entre ambos estados. 

Así los jesuitas decidieron formar vaquerías en la Banda Oriental, poblada de ganado cimarrón. La primera de ellas se la llamó la Vaquería del mar. De allí se hicieron permanentes arreos que permitieron a Yapeyú formar sus primeras estancias en el oriente del río Uruguay. A fines del siglo XVII Yapeyú contaba con seis estancias en esa región cuyas existencias eran de  80.000 cabezas.

Los conflictos con los charrúas, agudizados entre 1700 y 1702 crearon inestabilidad y desbande de animales en esas estancias. En razón de ello se hizo en 1705 un gran arreo de vacunos desde la Vaquería del mar, con el objeto de formar con ellos una gran reserva ganadera en la región riograndense, al norte del río Jacui; ese lugar, que hoy recuerda el topónimo Vaccaría, se formó la Vaquería de los pinares.

Sin embargo, los vacunos allí concentrados fueron finalmente descubiertos y saqueados. Fue así como en la década de 1730 se constituyó la gran estancia de Yapeyú, y más tarde las de La Cruz, Santo Tomé y San Borja. Estas estancias, en realidad vastos campos para la cría de vacunos, reemplazaron a las antiguas vaquerías en el aprovisionamiento de los pueblos.

Las estancias se organizaron según el modelo tradicional en el Río de la Plata. Los campos de cada pueblo estaban divididos por ríos y arroyos que separaban las distintas estancias y puestos de una misma jurisdicción e identificados cada una con nombres de santos u otras advocaciones religiosas. Los pueblos contaban con varias estancias cada uno de ellos, con sus puestos, corrales, capillas y ranchos para la vivienda de los capataces y peones. A su vez, en cada uno de esos lugares se criaban vacunos de rodeo, caballos y yeguas, ovejas y carneros y mulas, según la aptitud de los campos y necesidades de cada pueblo.

La cartografía jesuítica y aun la posterior ha proporcionado mapas que muestran la ubicación de las estancias en la margen oriental del río Uruguay. A su vez, los inventarios que se hicieron en cada pueblo en ocasión de la expulsión de los jesuitas, han dejado valiosa información sobre este patrimonio rural y sus características.

Yapeyú poseyó los campos más extensos. Sus estancias estaban ubicadas al oeste y el este del río Uruguay. Las primeras comprendían el territorio que se hallaba entre los ríos Miriñay y Uruguay, teniendo por límite norte el pueblo de La Cruz. Hacia el este, había cinco estancias distribuidas en la costa del río Negro, trece sobre la costa del río Uruguay, otras cinco sobre el río Ibicuy y seis más sobre el Ibirapitá. Totalizaban veintinueve estancias en el territorio oriental. A su vez, en el occidente, había al menos otras doce. Todas estas poseían capillas y cierto número de puestos, cada uno con sus ranchos para la peonada.

El pueblo de La Cruz también poseía campos al oeste y occidente del río Uruguay. Un mapa de 1784, seguramente basado en datos de la época jesuítica, describe minuciosamente los alcances de su territorio al oeste y el este del río Uruguay. Hacia el oeste La Cruz disponía de otras estancias ubicadas sobre el río Miriñay e incluso en las márgenes del río Corrientes, dotadas también de puestos y nueve capillas, algunas de ellas bien construidas en piedra y techumbre de tejas cocidas.

Las existencias de vacunos y equinos en estos campos era cuantiosa. Pero las crisis provocadas por el tratado de Madrid de 1750 y la consecuente Guerra Guaranítica que se desencadenó en los campos orientales, desorganizó el sistema, que quedó expuesto a depredaciones y abusos, especialmente por los portugueses que ocuparon el territorio oriental. Si bien esas tierras se restituyeron al dominio de Misiones después de 1761, la recuperación ganadera no fue total, adelantando la decadencia de los pueblos que se producirá a partir de la expulsión de los Jesuitas en 1768.